人类与〈机械智能〉展开死斗的〈圣战〉百年后，地球三分之一的土地被沙漠覆盖。少年古城宴，作为九年前谜样毁灭的东京城幸存者，如今成为"大槻商队"一员，乘坐战斗空母"箱舟"生存。某日，宴与同伴离开舰船，发掘圣战时期的遗迹时，作业机械臂触碰到一个圆形轮廓——"神格匡体"。这是能将人类想象力转化为现实力量、召唤神话神灵的终极兵器。宴等人怀揣期待与恐惧，掘出白色匡体，随之与白猿神哈努曼、神秘少女西塔相遇……热风席卷，雷鸣轰响，少年的旅程就此开启。