故事仍然是在那个樱花飞舞的月牙形状的小岛——初音岛展开，季节为冬季，而故事的时间则是推移到了《D.C.》的53年之后，主角们也都变成了前代主角的子孙们。这部围绕着“幸福”而展开的青春爱情物语深深的感动了无数玩家的内心，也使得很多人认识到了幸福并不是借由魔法、而是要靠着自己的双手去努力争取的现实。

大正末期，嘉神悠志郎为了继承父亲的职务，而展开一场向神职迈进的修行。有一天，从有渊源的有马神社捎来一封信，信中提到他们需要人手准备即将展开的秋之祭庆典，将这当作修行一部分的修志郎，就这样踏上了旅程。在有马神社中，他遇到了5位女性，巫女柚铃、铃香，女学生美月，宫司的后妻叶桐，及常到神社游玩的侦探小说迷双叶。虽然只和大家短暂的相处，最后终于慢慢融入大家的悠志郎，却和她们结下奇妙的不解之缘。

　　被海和山所围绕的常磐村 　　常磐——这个被赋予了“永远不变”的名字的村庄，就这样迎来了夏天 　　喜爱漫画的巫女 　　乐天派的前辈 　　活泼的妹妹，贤淑的恋人 　　在神社的地板下遇到的“无名”少女 　　她向村子跑去，系在帽子上的铃当不断的响着 　　命运就这样被红色的丝线精密交连着 　　当你在冬天淡淡的雪融化的世界里玩的时候， 　　也能感觉到夏天海水的温暖！

(官方小说 全年龄河蟹版) 很久以前，移民月球的人类与地球母星产生矛盾进而发生战争，最终地月分裂，月球的人类独立建立国家。当时的战争引发了双方关系隔阂与文明衰退。因此长期以来相互关系断绝。 几百年后，地球与月球的关系缓和，重新开始了友好往来。“满弦崎中央联络港市”作为地月往来的唯一通道，成为双方交流的中枢。满弦崎大学也成为“月学”研究的重要基地。 朝雾达哉是一位月学学者的遗孤，幼年丧父的他，与姐姐纱也加、妹妹麻衣组成家庭相依为命。有一天，一如往常的平静日子，被纱也加姐姐带回的重磅消息打破：月球的公主要前来达哉和麻衣就读的“满弦崎大学附属卡特丽娜学院”留学，并且要寄宿在身为月学学者的纱也加这里。 于是，波澜不惊的日常，渐渐地开始泛起涟漪。

朝仓纯一与义妹音梦两人相依为命，拥有神奇能力的他经常在无意识中看到他人的梦、或从手中无端变出和果子来。某日，纯一和音梦就读的学校来了一位转校生，她就是纯一六年前旅居海外的青梅竹马，同时也是从小便粘着他不放的表妹小樱。她的出现让纯一注意到音梦其实对自己抱持着情感早已超越了亲情……此时，纯一会回应她对自己的感情吗……。