U．C．0093年3月，随着夏亚·亚兹纳布尔攻击地球的计划被朗德·D1尔队阻止，新吉恩与地球联邦间的战火亦逐渐平息。但联邦始终未能完全统一地球圈，直至0100年．联邦军方以新吉恩残党及新奥古联军叛乱等事件为由，使SIDE3的吉恩共和国放弃自治权，而宣布已完全消灭战乱，从此将建立一个安定、和平的地球圈。 然而，联邦自身却并无多大改善，一天天持续着向官僚主义及特权主义的堕落，甚至欲制订法案，让地球变成少数特权阶级居住的场所。对了对付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察“AIEN HUNTER”用武力强行驱逐或干脆实行杀戮。 在这种局面下，一位联邦军的老将军匿名为库瓦克·萨尔瓦，建立起秘密反政府组织“马法狄·纳比尤·艾林”(由苏丹、阿拉伯及古爱尔兰语合成的名字)，针对联邦高官菜开了暗杀等一系列恐怖活动。联邦军内素有声望的布莱德大校之子哈萨维·诺亚，也加入了这一组织，并担任重要职责……

宇宙世纪零零三五年，将位于火星与木星之间小行星群之中的"幽诺"搬移到月球轨道的计画正式通过，十年后，幽诺被定置在月球轨道上，成为建造殖民地用的砂土、矿物来源。尔后，这个被取名为月神二号的小行星幽诺，又遷移到了和月球恰恰相反的位置，自宇宙世纪零零六七年起，展开了建设SIDE7的浩大工程……

宇宙世纪００８７年，反地球联邦组织「幽谷」（Ａ.Ｅ.Ｕ.Ｇ），为争取太空居民的独立自治权，向联邦军宣战，而迎击的则是菁英部队「迪坦斯」（ＴＩＴＡＮＳ）。卷入这场战斗的少年卡密儿-维丹，夺取迪坦斯的新锐ＭＳ「钢弹ＭＫ－Ⅱ」之后加入了幽谷。随着战火的扩大，幽谷开始实行联邦军根据地的降下作战．．．

UC0093年，行踪不明的夏亚。阿兹纳布，复兴了新吉翁军，再一次向地球联邦政府挑战。为了改变气象条件，造成人工冰河时期，而队地球进行“陨星坠落”作战。许多无辜的人们，遭到了夏亚的肃清……昔日的敌手阿姆罗。雷，将再次阻挡在夏亚的野心之前！

人类对宇宙寻求人口的宣泄口之后，正转眼要经过两个世纪。在地球的周围，飘浮着好几个巨大人工殖民岛，居住在那里面的人们，与居住在地球的人们的心，仅是渐行渐远。是那样的时代…。\n 在南洋的岛上成长的青年亚弗兰西．夏亚，在暴风雨的夜晚，接下长老的遗言。「你去宇宙吧…」，与暴风雨引导过来的人型的机械一起，亚弗兰西的冒险开始。在其前方等待的是！？

即便人类已将历史舞台移至宇宙，战火也仍未停歇——。\n 向联邦政府举起反旗的「赞斯卡尔帝国」，开始了对地球的侵略。胡索・艾温与夏克蒂·卡林原本在绿意盎然的大地上悄然度日，但这份和平却被赞斯卡尔军的机动战士部队撕裂。在拼死抵抗之中，心系未来的少年与少女所见证的究竟为何？