伤痛尚未平息，新的战火又开始点燃！ CE73年，扎伏特军与地球联合军停战的两年之后――阿斯兰与卡嘉利一同造访中立地带L4的殖民卫星，却在那儿目睹刚研发的三架新型高达被不明人士强行夺走！同时，扎夫特的新战舰智慧女神号亦为追捕抢犯而紧急出航，却因此替新的战乱揭开序幕―― 大受欢迎的电视动画原著小说！ 背负着少年们因战乱而违背的命运，奋战吧，高达！

C.E.（ 宇宙纪元 ） 30 年代，基因工程的风潮发展到了最巅峰，人类因此制造出新的对立架构。在受精卵阶段便接受基因调整而出生，这些被称作“调整者”的全新人类们，对旧有的人类“自然人”而言构成了一大威胁。这些调整者们无论在智力、体力等各方面都凌驾于自然人，虽然他们仅占少数，却有囊括学术、体育等所有领域顶尖地位之趋势。终于这种落差形成了对立，寡不敌众的调整者在地球各地都受到迫害。被赶出了熟悉的土地，宇宙便成了他们心目中的净土。

C.E.（Cosmic Era）——<br /> 一个同时有通过调整基因，使得生来便具备优越的身体能力和头脑的人类（调整者），与自然出生的人类（自然人）存在的时代。<br /> 调整者与自然人之间因为关乎自己的存在意义而爆发了思想冲突，从而发展成了动用武力的战争。<br /> 在这种背景下，有人提倡通过赋予个人强制的使命，从而实现没有战争的世界的系统——“命运计划”，但为了守护人类自由的未来与希望，“命运计划”在战争中被拒绝了。<br /> 在这之后，以无数牺牲为代价，战争终于迎来了终结，但两种人类彼此之间的对立与憎恨，直到现在都在各地持续着——。