在莉莉安女子学园高中部，有一个传统，被称为s-ur（在法语中是“姊妹”的意思）制度，其中二或三年级的学生会给予一个低年级生一串念珠，而低年级生就会成为她的妹妹，身为姐姐的高年级生须承诺会照顾妹妹，并教导他们。 当故事开始时，福泽祐巳像其他学生一样在学校入口附近的圣母玛利亚雕像祈祷之后，被自己憧憬的二年级学姊小笠原祥子叫住，祥子轻轻走近帮祐巳整理了丝带。这看似简单的行为，被祐巳的朋友茑子拍下，茑子为了可以在学园祭上登出这张照片，在那天放学后强行拉祐巳到蔷薇之馆…… 玛利亚的凝望的故事，就是围绕着莉莉安女子学园的少女们的故事。

　　选源氏还是选平氏？ 　　在佛教系学校——花寺学院高中入学日的早晨，福泽祐麒面临这项抉择。 　　虽然祐麒一头雾水，但其他新生却毫不犹豫地在进入校门不久后出现的岔路口选择朝右或朝左前进。 　　只不过，祐麒既没能向人询问左右两条路的代表意义，也没有随便挑一条路，最后他竟以外闯越了岔路口的关哨！？ 　　由祐巳的弟弟祐麒担任主角的「玛莉亚的凝望」姊弟篇，终于登场！