因为大气操控设备的暴走和战争，人类濒临灭亡的危机。 少年天树炼是能够通过改写存在的『情报』来操纵物理法则的《魔法士》，他接受了抢夺运输到世界上仅存的七个封闭型都市《CITY》之一的神户CITY的实验样本的委托，但是样本却是名为菲娅的少女。 另一边，同样是魔法士的《骑士》黑沢佑一为了取回掌握《CITY》存亡的关键的菲娅，而对炼进行追捕。 为了彼此想要守护的人而相冲突的炼和佑一……但是在他们不知道地方，恐怖的阴谋开始行动了！